Dersom mottatte gebyrinntekter fra abonnentene er lavere enn faktisk beregnet selvkost, vil det være et underskudd i selvkostregnskapet.

Dersom en har opparbeidet et selvkostfond tidligere år skal dette benyttes til å dekke årets underskudd, jfr. selvkostforskriften § 8, 3. ledd. Når det ikke finnes et selvkostfond, eller dette ikke er stort nok til å dekke underskuddet, skal restbeløpet etter hovedregelen fremføres i selvkostregnskapet for inndekning senere år. Et underskudd ett år skal da etter hovedregel være dekket inn i løpet av fem år.

Det er her viktig å merke seg at et underskudd i selvkostkalkylen ikke kan medføre negative selvkostfond i kommunens årsregnskap. Dette er kun et underskudd i selvkostkalkylen. Underskuddet vil måtte dekkes av kommunens driftsresultat det aktuelle året.

Årsunderskuddet følges så opp i selvkostkalkylene gjennom planlagte økninger av vann- og avløpsgebyrene kommende år. Negativ saldo på selvkostfondet er å betrakte som en gjeld abonnentene har til kommunens driftsbudsjett, som da forskutterer en inndekning. Det kan beregnes renter på denne gjelden. Renten skal beregnes ut ifra gjennomsnittlig beholdning på fondet og kalkylerenten.