Det avgjørende for kostnadsfordelingen mellom eierkommunene er at fordelingen ikke fremstår som at enkelte kommuner over tid blir subsidiert på bekostning av de øvrige. Det er derfor viktig at interkommunale selskap utarbeider et godt underlag for fordeling av selvkost mellom deltagerkommunene.

Kommuneloven fastsetter at det er kommunens kostnader (og ikke den organisatoriske enheten) som danner basis for gebyret. Når selskapene gjennomgår en organisatorisk fusjon, eller kommuner slår seg sammen, vil selvkost med å produsere vann eller rense avløpsvann påvirkes i mindre grad utover besparelser i administrative og strategiske funksjoner.

Det mest korrekte iht. selvkostprinsippet kan derfor være å opprettholde differensierte priser basert på selvkost også etter en sammenslåing. Dette dersom det underliggende kostnadsbildet er svært ulikt. Dersom kostnadene ikke er veldig ulike bør en imidlertid tilstrebe at innbygger i samme kommune betaler samme pris.